Exceto o mobiliário, quase todas as peças expostas são provenientes do antigo Convento de Santa Clara de Guimarães.
Esse convento, fundado no século XVI pelo cónego Baltazar de Andrade, mestre-escola da Colegiada de Nossa Senhora da Oliveira, funcionava no edifício atualmente ocupado pela Câmara Municipal e veio a ser encerrado, com o falecimento da última religiosa, em 1891. Era uma instituição rica, com amplos bens e rendimentos, cujas freiras eram afamadas pelos seus dotes musicais e pelo fabrico de doces, como o célebre “toucinho do céu”.
Na primeira metade do século XVIII, a igreja do convento foi renovada interiormente, adotando uma decoração barroca. Perdido o retábulo-mor num incêndio no Santuário de Nossa Senhora da Penha, em 1939, restam-nos hoje, desse conjunto, os revestimentos laterais da capela-mor, os dois relevos de madeira colocados de cada lado do arco cruzeiro, dois anjos tocheiros de grandes dimensões e uma Fuga para o Egito.
